Trong giai đoạn đầu, một số trường hợp đã thanh toán trực tuyến trên Cổng và đã được cấp chứng từ ký số điện tử của ngân hàng thương mại nhưng một số cơ quan CSGT khi đăng ký xe không chấp nhận chứng từ điện tử, còn yêu cầu người dân đi xin xác nhận hoặc có chứng từ dấu đỏ của ngân hàng. Trong khi số lượng ngân hàng thương mại tích hợp để cung cấp dịch vụ này còn ít.
