Theo Bộ Y tế, một trong những khó khăn của việc quản lý thực phẩm chức năng là theo Nghị định 15/2018/NĐ-CP chuyển từ tiền kiểm sang hậu kiểm tạo thuận lợi cho doanh nghiệp được tự công bố sản phẩm thực phẩm bổ sung và sản xuất, kinh doanh ngay sau khi tự công bố mà không cần có ý kiến của cơ quan quản lý. Doanh nghiệp đã lợi dụng vào điều này để tuỳ tiện xếp loại sản phẩm, hoặc sản xuất sản phẩm kém chất lượng, thậm chí hàng giả tuồn ra thị trường.