Trong bối cảnh có quá nhiều lời cảnh báo khủng bố từ các nước Mỹ, Anh, Australia, Canada... vấn đề bảo đảm an ninh càng được đặt lên vị trí hàng đầu. Hàng ngàn cảnh sát đã được lệnh bổ sung cho lực lượng cảnh sát địa phương ở đảo Cebu. Nhiều đơn vị quân đội cũng được huy động vào việc kiểm tra đường phố, tuần tra tại những khu vực trọng điểm. Trên biển, lực lượng hải quân được triển khai và trực liên tục 24/24h. Philippines còn sử dụng thêm 4.000 binh lính ở thủ đô Manila.
Riêng ở đảo Cebu, 6.000 cảnh sát được triển khai kèm theo một vùng cấm bay với bán kính 32km kể từ nơi diễn ra Hội nghị. Bên cạnh đó, những vũ khí tối tân nhất mà Philippines vừa mua về trang bị cho cảnh sát, quân đội cũng ngay lập tức được đưa vào sử dụng. Ước tính, chi phí an ninh cho Hội nghị Thượng đỉnh ASEAN lần này sẽ vào khoảng 3 tỷ peso
