Những hoạt động yêu nước của phong trào duy tân nói chung và trường Đông Kinh Nghĩa Thục nói riêng khiến thực dân Pháp mất ăn mất ngủ. Chúng rải mật thám đi khắp nơi để truy tìm những người chống lại chính quyền. Không có chứng cứ, chúng gọi đây là "Lò phiến loạn Bắc Kỳ" và thẳng tay đàn áp.
